La chiesetta dedicata a San Giovanni Crisostomo (detta popolarmente San Giovannello) costituiva il Kathtolikon del monastero femminile omonimo, le cui tracce sono state rinvenute nei saggi archeologici eseguiti nello spiazzo adiacente nel 1995.
In essa troviamo semplicità e chiarezza, tipici elementi bizantini. Tuttavia, non manca la raffinatezza rappresentata dalla dissimulazione tecnica (struttura sapientemente trascurata), dal mascheramento ambientale (che si confonde con le architetture civili), il rifiuto della vistosità (volontà dei Bizantini di non essere appariscenti).

Per la sua preziosità, l’archeologo Paolo Orsi raccomandava di conservarla “sotto una campana di vetro” e di toccarla con “mano guantata”. La struttura muraria è composta da conci di pietra locale, malta e cotto. Con molta probabilità attiguo alla chiesa sorgeva il convento delle monache di S. Giovanni Crisostomo posto nell’adiacente Largo Tre Chiese. A garanzia della clausura delle monache vi erano due porte, una riservata ai fedeli posto sulla strada e formata da un portalino con arco estradossato, e quello, posto nell’attuale spiazzo, riservato alle monache (la cui conformazione ricorda gli ingressi di alcune chiese greche) sormontato da un oculo a ghiera di mattoni. All’interno vi è la prothesis, la nicchia posta a sinistra utilizzata per preparare i doni; il diaconicon posto a destra dell’altare maggiore serve per preparare i paramenti dei diaconi. Da ciò si arguisce che, rispetto alle chiese latine in cui c’è la sacrestia, qui i sacerdoti si preparano di fronte ai fedeli.

Il 2 maggio 1993 la chiesetta è stata riaperta al culto per diventare nel 1997 parrocchia greco-ortodossa e santuario panitalico, cioè il più antico d’Italia.